5.1が出たなあと思っていたら、あっという間に5.1.1が出まして、XSLを使うべく再コンパイルの必要もあったので、アップグレードしてみました。(libxslなども別途インストールしました。こっちはデフォルトのまんま)
./configure --with-apxs2=/usr/local/apache2/bin/apxs \ --with-mysql=/usr/local/mysql \ --enable-mbstring \ --enable-mbstr-enc-trans \ --enable--mbregex \ --enable-versioning \ --enable-sqlite-utf8 \ --with-xsl=/usr/local/lib
前々から起こっていたコンパイルエラーもやっと無くなったようです。wikiもちゃんと動いているようですし、とりあえずは問題ないかな、と。